联盟历599年，神奥大陆。
这一年，古老的神祗如期苏醒，将无尽的怒火宣泄而下。
时间之神，空间之主，反转世界的霸主被神之遗族唤醒，与众神之神混战。
阿尔宙斯，自虚无的蛋中诞生，而后用一千只手创造了世界。毫无疑问，它是整个精灵世界中最为强大，古老，尊贵的生命。
然而千年前它耗尽了力量复苏当时枯竭的神奥大陆，丧失了水，草，地，电，龙五种力量，后又被偷袭，遭到无数神奇宝贝的攻击，是以在经过无数岁月的封印之后，如今的它虚弱不堪，战力比之全胜时期相差甚远。
但即便如此，它依然稳稳压制住了所谓的三龙神。是啊，迪亚鲁加，帕路奇犽，骑拉帝纳，这三者本就是当初阿尔宙斯创世之时分离出去的一对翅膀和影子所化，又怎能与本尊相提并论？
神王欲灭世，联盟上下震动，神奥联盟冠军四天王以及隐藏的高端战力早已出动，但这种层次的战斗，所谓的天王冠军完全插不上手，只能着手转移群众的工作。
整个神奥大陆上空都被浓厚的黑云占据，云层中天火隐现，一副灭世景象。
而此时的联盟总部却极为安静，大会长达马岚其将一份文件递给秘书之后，便背负着手看向窗外，这位面相和蔼的老者哪怕在此时依旧丝毫没有一丝慌张的样子，那末世之说于他而已如同是一个笑话，哦不，或许还是一个机会，布局神奥的机会………
长久以来神之遗族的影响力在神奥地区根深蒂固，连神奥联盟都只能沦为陪衬，而这一次，或许，神奥该变一变天了……
故事的结局不用多说，一名叫做小智的训练家横空出世，在时间之龙迪亚鲁加的帮助下穿越时空，经历重重波折之后拿到了生命宝玉，而后回到现实世界平息了阿尔宙斯的愤怒，一切都宛如一场闹剧般结束。
但此次神战却造成了极大的破坏，而为此负有大部分责任的神之遗族自然受到了强烈抨击，神殿这份信仰在神奥人民心中轰然倒塌，而神之遗族在搬出神殿之后也渐渐淡出了人们的视线……
神战过去三个月之后，人们终于从末世的恐慌中走出，这个世界又恢复了以前的繁华。
而距离神殿不远处的一处山谷中却是一副地狱般的场景，断壁残垣，尸横遍野，鲜血流入小溪将之染为红色，火焰渐渐燃起，预示着不久之后这里的一切将化为灰烬，掩下一切痕迹。远处，一群黑影渐渐消失在山谷的出口……
不知过了多久，一缕神圣之光照入这处废墟，接着一道圣洁的身影自虚无中缓步踏出。此时若有人看到必定大吃一惊，这道身影正是自三个月前闹剧结束之后就消失不见的阿尔宙斯。
此时这位众神之神却是平静的看着眼前这片废墟，眼睛深处一丝哀伤一闪而过。
三个月前它明白了一切，达摩斯，那个曾经自己最好的朋友，却被自己整整误会与怨恨了上千年，而如今他的后人的灭亡，说到底自己也脱不了责任……
我的朋友啊，我欠你的……
忽然，正沉浸于哀伤的阿尔宙斯猛的抬起头，死死地盯着不远处的一出废墟。
一道掩藏极好的隔板之下，不大的空间中，一个十岁左右的孩子正闭着双眼躺在地上，精致的小脸上满是泪痕，而他双手则紧紧抱着一枚色彩斑斓的精灵蛋。这是他刚收到不久的生日礼物，希娜姐姐说，这是她特地托人从关东送来的……
似乎梦到了什么好的事情，这一刻，男孩嘴角荡漾出一抹纯真的笑……
达摩斯，我欠你的，这就还给你……火焰，天空，雷电，大地以及龙之力所汇聚而成的新的生命宝玉，愿你能够善用这股力量，可怜的孩子……
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