科学的世界使人们变成了无神论者，神变成了一种虚幻的信仰。而基因计划让参与与了解这个计划的人们重新认识了神这个词。海底遗迹探索的工作从最初的几个工作组到现在的各国分别组织、派遣自己的海军团驻扎，甚至于为此专门建立了多个专门的部门。在大规模作战不能进行与超极武器不能使用的前提下，各国由神带领的特种部队成为了争夺海底领域的工具。
2040年7月凤凰受命出现于加拿大海域，以其惊人的单体能力潜入加拿大基因守卫队海军军部指挥基地并成功将之摧毁。随即美利坚众合国与加拿大出现局部火力冲突。随后凤凰分别前往南海、拉普捷夫海等多地摧毁各国基因护卫队。神之序章在这个7月被奏响第一个音符。
次日就此事联合国紧急召开会议。然美利坚死不承认此次事件是美方引起，最终商议提出异能约束法案，并成立异能监控组，要求各国政府异能人员都必须入册。在繁复的立案和投票的两个月后有关异能人员的国际法颁布。而在这两个月中，为了对付凤凰的骚扰，各国被迫提前结束半神们的训练，让他们参与对凤凰的阻止，但是依然有许多设备被摧毁。而美方对外以凤凰非美籍为由拒绝承认凤凰是美方人员。两个月的时间内，只有半神们可以对凤凰进行阻挠，现在化武器设备与常规导弹都无效化。即便是使用核武器，凤凰也能在命中前速度瞬间进入超音速并短时间保持速度直到逃离有效伤害范围。
这两个月，各大国海底资源开发基本等于完全停了下来。在国际法成立的那天，美方公开对凤凰发出了招募，而凤凰欣然接受。各国发出谴责与要求对制裁凤凰，美方利用替身对凤凰进行了制裁，随后的异能人士登记时以另一身份出现。一年后美国海底可开发领域在凤凰的帮助下扩大了3倍有余。
41年9月俄罗斯战斧97突破极限封神，战斧出世，俄罗斯海底领域狂野扩张，于年底强势霸占挪威、朝鲜、韩国、日本部分领地，并夺回被凤凰夺走的领地。各国政府纷纷发出抗议与声明，当天几个首脑被暗杀，神之一词被重新认识。
42年3月中国死神封神，清理南海，在国际上正式被认可海域，海底领域扩张。同期，国际安全武器研究所研发出高能特征生命体检测器，各国采购使用后凤凰、战斧停止对其他国家的骚扰。4月，第一颗装有高能特征生命体检测器的卫星由澳大利亚代国际安全武器研究所被发射。在仪器中，研究所震惊的发现地球存在的高能生命体超过10万数，并且在一些海域发现巨体超高能生命体，并且在各大洲也显示存在。
在卫星一周彻底扫描后，研究所向各国公布信息，联合国随即再次召开会议，并对海底资源开发与规划条例重新进行了编写，改名为：《世界资源开发与规划条例》。同时各国政府派出异能人士前往那些异能聚居地查探。宗教、财团、家族、门派、吸血鬼家族、古武士村落出现在了政府的视线中。根据扫描出的能量大小，安全武器研究所给出了大范围的等级划分。人体极限等级也从十阶封神扩展到了二十级。国际心理研究所在经过一系列信息收集后给出了明确的等级划分，由此国际心理研究所从默默无名慢慢瞩目。
5月，吸血鬼、黑势力等隐匿异能组织向其所在政府表示恶意后展开异能战，联合国理事会紧急制定联合组条约并成立联合组。第三日联合组镇压各第异动。各国首脑认识到异能人士的可怕与不可控性，逐要求理事会改联合组条约中的“临时”为永久。2042年5月19日，联合组成立，成员由各国依国力贡献常驻，紧急情况下所有在册人员必须无条件应召。
45年封神人员超过百人，诸神时代彻底降临，封神的人数代表了国家对外说话的响度。凤凰由于频繁使用神级力量快速衰老而亡，研究人员发现极限体质下人的寿命无限缩减。随后战斧97同样死去，人体极限体质缺陷被认可。部分国家造神被停止。诸神时代降临后预示着诸神末世的出现。
政府开始与隐世组织以及隐士交涉，未果。
50年，诸神开始自然死亡，统计得出神在成神后倒计时15年，使用神级力量后10速衰老。
政府默认许可下，各研究在本国官方异能人士帮助下开始对隐士使用威逼、利诱，乃至暗杀、绑架等途径去获得隐士的能力来源。天生异能者最终妥协，天生异能组织并入联合组。而大部分隐世组织对本身异能来源方式有着高度保密的措施，并对于官方的行为发出警告。
基因研究人员依然进行着对于基因的研究与试验。国际安全武器研究所持续对对超能体使用武器的开发。国际心理研究所在提出要对每一位异能人士进行适当的心理辅导后迅速扩张，并一定程度影响了所有的官方异能者。教会等宗教组织在被发现异能后在一段时间的展露能力扩张又被官方打压了下去。而原本被所有政府封锁的异能信息，在宗教的表露下，人们知道了宗教的能力。而有些人因此联想到了在世界各地无解的异象与怪事，世界各地的人们组成了异能探寻组织。附属并服务于联合组的国际安全信息处理部（又被异能人士戏称为擦屁股队）对于这些人展开了一系列清晰工作以保证异能不被发现从而不引起恐慌。
53年和家造多名家族神级成员叛变，顺势脱离中国政府组织，开启家族全部资源。造主计划开始。