张居正以来没有时间亲自调查，第二这件事情不是一般人能够处理的。所以张居正做出了一个大胆的决定，也表现出他的大公无私。他把这件事情第一时间告诉给了高拱和谭论，希望他们师徒也帮着一起调查。三个人几乎同时想到了秦泰这个查案高手，所以就有了张居正举荐秦泰去刑部大牢的事情。为了不引起大家的注意，也为了这次查案绝对的保密，他们没有直接找秦泰，也没有正式给予秦泰任何权利。只不过暗中给了秦泰一张几乎没有什么用的纸条。要秦泰暗中调查刑部大牢的秘密，直到发现秘密或者遇到重大危险的时候，才允许发射信号筒。到时候外援会第一时间赶到刑部大牢，帮助秦泰夫妻控制刑部大牢的局面。纸条上有高拱、张居正和谭论三个人的签字，这是秦泰所熟悉的字体，秦泰完全相信这一点。
这个信号筒放在一个秘密地暗格里面，这个狱卒是徐阶当年暗中留下的。不过这个人不但没有查到什么线索，而且差点在刑部大牢里面被人暗杀。为此这个狱卒不敢在刑部大牢里面待了，找了一个由头一个月来报到一次，平时不用来上班。可是就是在他的值班床位下方，有一个暗格，里面可以藏一些私人东西。他得到张居正的指令之后，把信号筒暗中放进了暗格。秦泰得知之后趁机去了出来，这个狱卒见任务完成了，就不再来刑部大牢了。
今天在兵部值班的长官刚好是谭论，见到了这个信号筒之后马上点齐兵马杀向刑部大牢。按照原来的布置，高拱已经事先给了谭论和张居正一人一份，带人接管刑部大牢的命令。凡是谭论或者张居正水看见了信号筒的信息的话，就可以用内阁首辅高拱的钧令，去刑部大牢接管大局。高拱要是也看见的话，高拱就会亲自带人去刑部大牢。不过高拱私下告诉谭论，最好是派兵去接管刑部大牢，不但可以百分百地保证秦泰的安全，更可以保证秘密不泄露。谭论就主动去兵部值班，目的就是可以随时调动值班士兵立刻控制刑部大牢。
谭论的到来证实了一件事情，刑部大牢外围的士兵真的有点无法无天。要不是谭论不但是兵部侍郎，而且还是内阁官员的话，刑部大牢外围的官兵甚至于不愿意听从兵部的话。谭论用他的身份强势地接管一切，为此出示了高拱给的内阁首辅钧令。这才在最短时间逼得这些官兵交出控制权，谭论的亲信部队接管了刑部大牢外围的控制权。
谭论不知道里面的情况，所以他要第一时间进入刑部大牢。他拿着高拱的书面命令，命令刑部大牢地上一层的人全部打开刑部大牢往下的通道。谭论命令他的士兵，拿上武器冲进刑部大牢内部，接手刑部大牢。凡是敢对抗或者阻止者，就是不听号令的敌人，士兵有权利就地格杀。谭论并要每一队的队长记住了，除了控制局面之外还要找到秦泰和展小小这对夫妻。谭论暗示大家秦泰和展小小夫妻不但是谭论的私交好友，而且是内阁首辅高拱看重的人，所以大家都不敢马虎和看不起秦泰和展小小夫妻。
秦泰在妻子展小小的保护下，终于见到了谭论。谭论看见安然无恙的秦泰夫妻，终于松了一口气。谭论真的担心秦泰夫妻，总觉得不应该这么利用秦泰夫妻，把秦泰和展小小丢在这么一个危险的地方不管他们夫妻。秦泰和展小小能够站在谭论面前，这让谭论心里少了一些愧疚。
秦泰没有时间和谭论聊天，直接要谭论将控制权交给他。因为只有秦泰才能最快时间，最准确地控制好刑部大牢。谭论不但对秦泰很信任，而且这件事情说好了就是以秦泰为主的，所以就一口答应了秦泰的要求。所有的军官马上集中在一起，谭论把控制权和指挥权全部移交给了秦泰。秦泰马上下大了一系列的命令：第一，集中所有的花名册，逐一清点刑部大牢内的犯人，把有怀疑和没有身份的犯人集中到了一起；第二，清点刑部大牢内部的值班管理者，确定大家的身份和职务；第三，派人看管每一层的监牢，不准任何人随意走动；第四，清查所有的账目和物资，严禁任何人擅自改动上面的数字和物资数量；第五，派出一队精锐进入密道，翻查密室的同时，严禁任何人留在密道里面躲避调查；第六，派人开闭所有的机关消息，严禁对方利用熟悉这里的环境对抗官兵；第七，找到屠宰死尸，制造人肉稀粥的场所，确定这个极为有力的证据现场；第八，保留所有已有的食物，不准销毁或者给犯人吃；第九，极力寻找孩子的下落。据说刑部大牢里面有一群没有身份的孩子，都是女囚犯私下生下来的；第十，打开第五层，将里面的犯人控制起来，暂时关在单独的监房里面，防止这些犯人自残或者伤害其他的犯人。
虽然大家有点听不懂秦泰的意思，但是这些训练有素的军人依然去这么做了。只要一边的谭论好像听懂了一些，什么有多出来的犯人？什么有人利用秘密通道躲避监管？什么利用机关对方官兵？什么做人肉稀粥？什么这些稀粥是给犯人吃的？什么有女囚犯私下生孩子，这些孩子的父亲会是什么人？有发了疯的犯人，会伤害别人或者自己？相比之下贪污和挪用物资、多报多占、利用刑部大牢的名声狐假虎威、暗中控制外围士兵，已经都是不起眼的小事情了。
就在官兵冲进刑部大牢内部的时候，那个神秘的主使者，已经下达了一些内部命令。第一，所有知情人全部不准多话，不准任何人对外人说出组织的秘密。第二，开始销毁所有可能暴露大家身份的秘密。第三，大家严阵以待，要是对方发觉机密的话，做好与对方同归于尽的准备。第四，开始对几个重点对象下手，确保在官兵控制全局之前，杀死或者控制住这几个人。第五，想办法联系外界，找自己人来解救大家。
但是这些人小看了秦泰和官兵的速度，有秦泰这个熟知刑部大牢秘密的人指挥全局，官兵们马上找到了关键所在。在官兵们针对性地控制局面的时候，秦泰已经派出妻子展小小带人去保护老莫和哑巴。老莫是对方暗中特别注意的人，哑巴是对方可能要灭口的人，所以对方一定会针对老莫和哑巴。只要保护好他们两个，在抓住他们的人，就可以知道他们的最终目的和刑部大牢最大的秘密。这就叫做“守株待兔”、“引蛇出洞”。
在大家清点人数和物资的时候，许多问题暴露了刑部大牢的秘密。一些人见事情不妙，主动向谭论和秦泰交代问题，目的就是为了“将功折罪”，保住大家的性命。在这些人的指证下，一些问题马上迎刃而解。同时展小小和手下也抓住了一些对方的人，正在秘密审讯这些人。
秦泰带着一队士兵，通过第二条密道，来到第六层，为这些已经成为骸骨的人，整理遗体和遗物。并要求大家尽快找到所谓的“接口”，彻底封闭这条通往外界的不安全通道。这时候一个士兵来报，一个杀手说出了他们首领的名字，并已经抓住了这个企图外逃的首领。谭论没有审讯这个首领，就是等秦泰回来之后，由秦泰审问这个对手。
秦泰就把这里的事情，交代给一个军官，自己在几个士兵护送下回到了刑部大牢第一层。谭论站在审讯室门口等待秦泰，秦泰和谭论相互拍了一下，这才有时间微微的表达一下大家的关心。秦泰和张居正、谭论都是好友，只不过现在已经有了一些变化。张居正越来越像一个年长的大哥，关心秦泰的同时也时刻约束着秦泰的行为，一旦秦泰有所出格的话，张居正总是会批评他。谭论却把秦泰当作自己的孩子一样，不但包容秦泰，更是会在一些事情上明着支持秦泰。所以秦泰这个小老弟有点怕张居正，反而更喜欢和谭论这个“老小孩”在一起玩闹。谭论在外人看来比高拱更威严，但是别人不知道，谭论私下很可爱，经常做出一些令人发笑的事情。经过这次贬黜事件后，谭论更把秦泰看重了，他发觉秦泰在某些事情上真的是一个天才。
秦泰和谭论没有时间多聊天，马上进去审问这个首领。秦泰一边审讯犯人，一边心里却总觉得不对劲。他总觉得这个人不会是自己的对手，至少不是那个布置陷阱的高手。秦泰马上想到了一个答案，这个所谓的“首领”，只不过是一个被推出来的“替罪羊”。真正的首领不是已经外逃，或者就是正在外逃。这个人的目的就是吸引秦泰和谭论的注意力，方便真正的首领安全的离开刑部大牢。
想通了这一点，秦泰马上下令严查任何一个离开刑部大牢的人。真的抓出了好几个企图离开刑部大牢的人，他们有的人想冒充士兵离开，有人的想假扮杂役或者官员离开，有的人想通过熟悉的官兵离开刑部大牢。这些人都被企图下令严查之下，扣押在了刑部大牢地上一层进出口上。还有一个狱卒企图使用武力冲出去，士兵阻拦不住，外面的士兵放箭射死了这个狱卒。